قُتل ما لا يقل عن 840 شخصاً وجرح ستة آلاف آخرين، ومعظمهم على أيدي الشرطة وقوات الأمن الأخرى، خلال «ثورة 25 يناير» التي أجبرت الرئيس حسني مبارك على التنحي عن منصبه في فبراير/شباط. وحلَّ المجلس الأعلى للقوات المسلحة برئاسة المشير محمد حسين طنطاوي محل حسني مبارك الذي قُدم للمحاكمة مع نجليه ومسؤولين آخرين. وبالرغم من ذلك، استمرت الاحتجاجات، وفي بعض الحالات واجهتها قوات الجيش والشرطة بالقوة المفرطة. وأفرج المجلس الأعلى للقوات المسلحة عن سجناء سياسيين وسمح بتسجيل أحزاب سياسية، كانت محظورةً من قبل، وكذلك نقابات مستقلة، ولكنه أبقى على حالة الطوارئ السارية منذ 30 عاماً، وجرَّم الإضرابات، وشدد القيود على وسائل الإعلام، واستخدم المحاكم العسكرية لمحاكمة أكثر من 12 ألف مدني وإصدار أحكام ضدهم، وبينهم كثيرون قُبض عليهم فيما يتصل بالاحتجاجات المستمرة على ما يرونه تباطؤاً في مسار الإصلاح. وحُل جهاز مباحث أمن الدولة ذو السمعة السيئة خلال حكم مبارك، ولكن تعذيب المعتقلين ظل شائعاً ومنتشراً على نطاق واسع، بل اتخذ بعداً جديداً صادماً، عندما أُجبر عدد من الفتيات على الخضوع لفحوص «كشف العذرية» على أيدي ضباط من الجيش، أثناء احتجازهن. وأخلى الجيش قسراً سكان بعض الأحياء الفقيرة (العشوئيات) في القاهرة. وشاركت المرأة بشكل بارز في الاحتجاجات، ولكنها ظلت تواجه التمييز في القانون وفي الواقع الفعلي. واستمر التمييز ضد الأقليات الدينية، ولاسيما المسيحيين الاقباط. وصدر ما لا يقل عن 123 حكماً بالإعدام، وأُعدم شخص واحد على الأقل. واستمرت قوات حرس الحدود في إطلاق النار على المهاجرين واللاجئين وطالبي اللجوء الذين يسعون إلى عبور الحدود في سيناء والوصول إلى إسرائيل، وأفادت الانباء بمقتل 20 شخصاً في عام 2011، بما في ذلك في الحدود مع السودان. بينما حُوكم آخرون وأُعيدوا قسراً إلى بلدان يُحتمل أن يتعرضوا فيها لانتهاكات جسيمة لحقوق الإنسان، وكان بعضهم من ضحايا الاتجار في البشر، حسبما ورد.
ظلت المرأة تواجه التمييز في القانون وفي الواقع الفعلي، ومع ذلك فقد لعبت دوراً بارزاً في الاحتجاجات، سواء قبل سقوط حسني مبارك أو بعده. وكانت بعض الناشطات والصحفيات هدفاً للإيذاء الجنسي وغيره من صنوف الإيذاء.
وأنهى المجلس الأعلى للقوات المسلحة نظام حصة المرأة «الكوتا» في قانون الانتخابات، والذي كان ينص على تخصيص 64 مقعداً في مجلس الشعب للمرأة (بنسبة 12 بالمئة). وبدلاً من ذلك، ألزم المجلس كل الأحزاب السياسية بأن تتضمن قائمة مرشحيه للانتخابات امراة واحدة على الأقل، دون أن تكون بالضرورة في موقع متقدم في القائمة.
تزايد العنف الطائفي بين المسلمين والمسيحين الأقباط، الذين ظلوا عرضةً للتمييز والشعور بأن السلطات لا توفر لهم الحماية الكافية. وتصاعدت الاعتداءات ذات الطابع الطائفي على الأقباط وكنائسهم من أشخاص زُعم أنهم إسلاميون، وذلك بعد تولي المجلس الأعلى للقوات المسلحة مقاليد السلطة، وبعد مقتل بعض الأقباط في مظاهرات ماسبيرو في أكتوبر/تشرين الأول.
قبل سقوط حسني مبارك، سعت السلطات إلى إحباط جهود المحتجين في تنظيم احتجاجات عن طريق قطع الاتصالات الهاتفية والإنترنت. وبعد تولي المجلس الأعلى للقوات المسلحة مقاليد الأمور، فُرضت قيود جديدة على وسائل الإعلام، وداهمت قوات الأمن بعض القنوات التلفزيونية وهددت صحفيين ومدونين بالسجن. كما اتخذ المجلس الأعلى للقوات المسلحة إجراءات استهدفت المنظمات غير الحكومية المعنية بحقوق الإنسان.
وذكرت السلطات أنها تفحص أوضاع التسجيل القانوني والتمويل لنحو 37 منظمة من منظمات حقوق الإنسان، وأن نيابة أمن الدولة العليا تدرس ما إذا كانت ستوجه تهمة «الخيانة» أو «التآمر» للمنظمات التي اعتُبر أنها تعمل بدون تسجيل، أو أنها تلقت أموالاً من جهات خارجية دون موافقة السلطات، أو أنها شاركت في أنشطة سياسية «غير مسموح بها». وأصدر البنك المركزي تعليمات لكل البنوك بأن تقدم إلى وزارة التضامن والعدالة الاجتماعية تفاصيل عن المعاملات المالية للمنظمات غير الحكومية ووبعض النشطاء. وفي ديسمبر/كانون الأول، داهمت قوات الأمن مقار 17 منظمة غير حكومية، وصادرت أجهزة حاسوب ووثائق.